光遇的圣岛海底位于云野圣域群岛中央大岛的背面海域，准确位置是主岛后方一条细长的海沟，不在正面沙滩、瀑布池或钟塔附近。进入圣域群岛后，先找到中央最高的大岛，再沿着岛体外围绕到背面，观察海面上颜色略深、呈带状延伸的水域，直接在这片区域下潜即可到达海底。这里也是圣岛海龟、海底绿光和部分贝壳活动的主要位置。
前往圣岛海底的路线可以按“云野—鸟巢—圣域群岛—中央大岛背面”执行。进入云野后向右侧飞进鸟巢区域，穿过两座浮岛中间的云洞，看到大片海域和群岛后继续向中央大岛飞行；落地后不要停在钟塔一侧，沿海岸向岛后方移动，直到看见长条状海沟。若从风之大道进入，则选择通往圣域群岛的通道，抵达地图后同样以中央大岛为参照寻找背面海沟。
如果画面右侧没有潜水按钮，需要先解锁潜水能力再进入海底。前往墓土的藏宝岛礁，在入口洞窟内找到中央岩石并完成冥想，返回圣域群岛后即可正常切换潜水模式；下潜时点击潜水按钮，再用方向键或摇杆控制前进和深度，浮出水面则切换上浮模式。不要为了寻找圣岛海底使用遁地或卡地形，正常路线不需要矮人面具、椅子或特定翼数；初次下潜时也不要持续快速游动，先沿海沟边缘前进，发现氧气下降较快就及时上浮，长按角色发出大叫还能少量帮助附近玩家恢复氧气。
不同目标对应的寻找方式略有区别：想看海龟或收集绿色光点，应在海沟内下潜后沿着狭长区域缓慢游动，海龟会在海底游过并留下绿色光点，靠近即可收集；想找贝壳，则沿海沟底部和两侧逐段查看，活动期间通常会出现多枚二枚贝，全部收集可获得约200个光之碎片。若只是拍照或探索，任何时间都能来到海沟，但没有活动时可能看不到海龟和绿色光点；看到海面颜色变化后再下潜，比在主岛周围盲目搜索更容易找到入口。
